Delhi compte parmi les villes indiennes les mieux pourvues en arbres. Les jardins publics, les avenues plantées du quartier administratif et les forêts résiduelles forment un maillage vert rare à cette échelle. Plus de 500 mares et petites zones humides subsistent sur le territoire, protégées par une politique dédiée, et abritent une avifaune abondante.
Le sud de la ville concentre les jardins les plus fréquentés.
La Delhi Development Authority a créé en complément plusieurs parcs de biodiversité. Celui de la Yamuna, à Wazirabad, couvre 185 hectares et rassemble environ 1 500 espèces végétales et animales, dont 200 espèces d'oiseaux.
Le Ridge prolonge la chaîne des Aravalli sur environ 35 kilomètres, de Tughlaqabad au sud jusqu'à Wazirabad au nord. Il se divise en quatre sections. La plus vaste, au sud, dépasse 6 000 hectares et englobe la réserve d'Asola Bhatti. La section centrale, classée forêt réservée en 1914, borde le quartier des ministères. L'urbanisation, les dépôts de déchets et l'expansion du Prosopis juliflora, un acacia mexicain introduit par les Britanniques, dégradent l'ensemble.
La Yamuna traverse Delhi sur 22 kilomètres, soit moins de 2 % de son cours. Ce tronçon concentre pourtant près de 80 % de la pollution du fleuve. Les eaux usées domestiques dominent, avec des centaines de millions de litres rejetés chaque jour et une épuration partielle. Le drain de Najafgarh apporte l'essentiel de la charge. Une mousse blanche toxique se forme en surface à l'automne. Un plan directeur lancé en février 2025 vise l'assainissement du tronçon à l'horizon 2027.
Plusieurs espaces protégés se trouvent à moins de 2 heures de route.
Les milans noirs planent en permanence au-dessus de la vieille ville. Les macaques rhésus occupent les abords des temples et certains bâtiments administratifs, où ils causent des dégâts. Les nilgauts et les paons fréquentent le Ridge et les friches. Le moineau domestique, en net recul, est devenu l'oiseau emblème du territoire en 2012.